เนื่องจาก Tomato Brown Rugose Fruit Virus แพร่กระจายไปทั่วพืชมะเขือเทศและพริกไทยทั่วโลก บริษัท เมล็ดพันธุ์กำลังดำเนินการปรับปรุงพันธุ์มะเขือเทศที่ดื้อยา
แหล่งข้อมูลทางพันธุกรรมและจีโนมที่อุดมสมบูรณ์มีให้สำหรับผู้เพาะพันธุ์มะเขือเทศก่อนที่จะมีการริเริ่มโครงการจัดลำดับจีโนมของมะเขือเทศ แหล่งรวบรวมเชื้อมะเขือเทศขนาดใหญ่มีมานานแล้วในหลายพื้นที่ มะเขือเทศมากกว่า 75,000 รายการได้รับการอนุรักษ์ไว้ใน Genebanks ทั่วโลก หนึ่งในที่ใหญ่ที่สุดคือ USDA genebank ที่ Geneva, NY
การจัดลำดับจีโนมมะเขือเทศเริ่มต้นในปี 2005 โดยเป็นความพยายามข้ามชาติระหว่าง 14 ประเทศและเสร็จสิ้นในปี 2012 ความพยายามเหล่านี้ได้รับการเร่งอย่างมากด้วยการประยุกต์ใช้ปัญญาประดิษฐ์การเรียนรู้ของเครื่องและอัลกอริทึมขั้นสูงเพื่อวิเคราะห์ข้อมูลทางพันธุกรรมและฟีโนไทป์จำนวนมาก
มะเขือเทศแพน - จีโนม
นักวิจัยจากสถาบัน Boyce Thompson ในปี 2020 ได้สร้างจีโนมอ้างอิงคุณภาพสูงสำหรับมะเขือเทศป่าเพื่อผลิตจีโนมมะเขือเทศที่สมบูรณ์และมีประโยชน์มากขึ้น พวกเขาค้นพบส่วนต่างๆของจีโนมที่รองรับรสชาติขนาดและการสุกของผลไม้ความทนทานต่อความเครียดและความต้านทานต่อโรค ต้องขอบคุณในส่วนหนึ่งของเทคโนโลยีการจัดลำดับที่ล้ำสมัยซึ่งสามารถอ่านดีเอ็นเอที่มีความยาวมากทำให้จีโนมอ้างอิงมีความสมบูรณ์และแม่นยำกว่าฐานข้อมูลที่มีอยู่
เทคโนโลยีการจัดลำดับแบบเก่าที่อ่านดีเอ็นเอที่สั้นกว่าจะระบุการกลายพันธุ์ในระดับฐานเดียว อย่างไรก็ตามพวกเขาไม่ถนัดในการค้นหารูปแบบโครงสร้างเช่นการแทรกการลบการผกผันหรือการทำซ้ำของดีเอ็นเอจำนวนมาก
ในปี 2019 กลุ่มนักวิจัยนานาชาติได้สร้างจีโนมมะเขือเทศโดยใช้ลำดับจีโนมจาก 725 สายพันธุ์ที่เป็นตัวแทนทางวิวัฒนาการและทางภูมิศาสตร์ ฐานข้อมูลนี้ประกอบด้วยยีน 4,873 ยีนที่ไม่พบในจีโนมอ้างอิงดั้งเดิม การวิเคราะห์ความผันแปรในปัจจุบัน / ที่ขาดหายไปพบว่ามีการสูญเสียยีนจำนวนมากและการคัดเลือกยีนและตัวส่งเสริมเชิงลบอย่างเข้มข้นในระหว่างการเลี้ยงและปรับปรุงมะเขือเทศ
อ่านบทความฉบับสมบูรณ์ได้ที่ www.seedworld.com